Durante más de dos décadas, la CIJ ha abogado por el respeto del derecho al acceso a la justicia y por el fortalecimiento de la administración de justicia y la independencia del Poder Judicial en Centroamérica (Guatemala, Honduras, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica).Desde 2003, la CIJ ha llevado a cabo misiones a los países mencionados, y publicado informes basados en actividades e investigación. La CIJ se ha centrado en la judicatura de Honduras y Guatemala, y ha enviado misiones de alto nivel a Nicaragua (2006), Honduras (2009), Guatemala (2010-2012) y El Salvador (2011).
En 2007, la CIJ estableció una Oficina Regional dirigida por Ramón Cadena Rámila (Director de la Oficina del CIJ en América Central). El trabajo de la CIJ empezó centrándose en la democratización de la justicia con una visita a todos los países de la subregión para establecer contactos con la sociedad civiles al nivel local, jueces y asociaciones de jueces, a fin de identificar posibles asociados para su labor.
A raíz de su presencia regional, la CIJ ha profundizado y ampliado su trabajo en la región, identificando dos áreas de prioridad interrelacionadas:
1. Democratización de la justicia:
Aunque la separación de poderes está consagrada en las constituciones de cada país de Centroamérica, la independencia judicial sigue siendo débil y requiere apoyo: este apoyo puede venir a través de la creación de capacidades técnicas, fortalecimiento de las asociaciones de jueces y reforma a leyes y políticas del sector judicial (carrera judicial, reformas constitucionales en materia de justicia, protocoles de protección a jueces etc.).
2. Acceso a la justicia para poblaciones vulnerables:
Aunque el principio de igualdad está garantizado constitucionalmente en cada uno de los países de Centroamérica, la igualdad ante la ley en la práctica es débil y el derecho a un juicio justo es a menudo violentado. Las graves deficiencias de rendición de cuentas en toda la región obstruyen directamente el acceso a la justicia de las víctimas de violaciones de derechos humanos del presente e históricos.
La CIJ capacita a jueces en temas como la independencia del poder judicial, la lucha contra la impunidad y otros campos similares. Se ha hecho esfuerzo especiales a favor de la abolición de la pena de muerte en Guatemala.
La promoción del Derecho Internacional de los Derechos Humanos se utiliza como una herramienta para reforzar las áreas mencionadas. Se han realizado misiones internacionales de observación relacionadas con ambas áreas en la región. Por ejemplo, se lanzó una misión para observar las elecciones de magistrados de los Tribunales Supremos; se implementó otra para observar la situación de los derechos humanos en el Departamento del Petén en Guatemala.
La estrategia de la CIJ para Centroamérica se ha definido en el último período centrándose en abordar los principales elementos que están en el centro de un estado de derecho débil y sistemas de justicia socavados por su falta de independencia por un lado, y los principales aspectos que afectan el derecho a Acceso a la justicia de las poblaciones vulnerables por el otro.
La capacidad de litigación de abogados, organizaciones locales y nacionales se está reforzando a través de talleres y seminarios de litigio estratégico.